Vườn quốc gia Mercantour có nhiều loài thực vật khác nhau, trong đó có sồi đá, ôliu, đỗ quyên, linh sam, vân sam, thông, thông rụng lá, cùng khoảng trên 2.000 loài cây hoa, trong đó khoảng 200 loài khá quý hiếm như sao bạc, huệ tây, tai hùm, cảnh thiên bờ giậu, hoa gấm, long đởm vv...